Abteilung V ist eine schnelle Eingreiftruppe des N.E.X.U.S. Diese Abteilung ist der Startpunkt der Charaktere, sie haben die Möglichkeit in dieser Abteilung als Agenten anzuheuern. Die Abteilung wird geführt von Marcus, einem Agenten der vielleicht wenig Spass versteht, jedoch immer auf der Seite der Helden stehen wird.
Irgendwo in den Hügeln der Sächsischen Schweiz liegt die Basisstation der Abteilung V. Von der Landseite ist die Basis kaum zugänglich, in der Regel werden Agenten hier mit dem Hubschauber eingeflogen. Das Gelände ist allerdings über eine Hügelpiste sehr wohl mit dem Jeep erreichbar
Die Spieler treffen im NEXUS in der Abteilung V auf einige Agenten, denen sie immer wieder begegnen sollen. Einige werden Vertraute und Partner, andere sind eher zurückhaltend oder seltsamer Natur.
Der NEXUS, und speziell Abteilung V, betreibt eine bunte Mischung an Technologie. Teilweise kommen hier Eigenentwicklungen zum Einsatz, teilweise handelt es sich aber auch um gekaperte Alien Technologie.